据外刊报道，推广乙醇汽油遇到的最大问题是乙醇生产费用较高，美国现为1.1美元/加仑，而炼油厂汽油为70美分/加仑，美国现对含10%乙醇的汽油减税5.3美分/加仑。

乙醇现主要由谷物淀粉生产，开发酶催化剂使纤维素转化成可发酵的糖类的新技术正在研发之中，美国能源部将推行生物炼油厂计划，使纤维素原材料转化成燃料，如乙醇、生物柴油和氢气，以及高价值化学品等，剩余固体用于燃烧或气化产汽发电。美国能源部投资3000万美元为期3年的计划，旨在开发第二代纤维素酶以离解纤维素成为可发酵的糖类，目标是使酶的费用减小到每生产1加仑乙醇约10美分以下，约为现在酶费用的1/10。己有Genencor国际公司和Novozymes生物技术公司开展研发工作。